Museets forskning udgives i form af monografier og artikler i danske og udenlandske tidsskrifter. Desuden udgiver museet selv en forskningsskriftserie, andre bøger samt udstillingskataloger, der indeholder artikler baseret på museets forskning.

Studier fra Det Nationalhistoriske Museum på Frederiksborg / Studies from The Museum of National History at Frederiksborg

Museet publicerer særlige undersøgelser og papers fra afholdte symposier m.v. i sin egen forskningsskriftrække.

• Bind 1: Thomas Lyngby: Måder at bo på. Indretning, liv, stemninger og bevidsthedsformer i danske overklasseboliger i byen 1570-1870 (udkom 2015)
• Bind 2: 1600-årenes kultur og mentalitet
• Volume 3: Karel van Mander. A Dynasty of Artists
• Volume 4: Karel van Mander III. Library and Oeuvre.
• Bind 5: Stefan Pajung: Dansk-engelsk portrætkunst